Первое упоминание меловых гор на берегах Северского Донца как о Святых горах встречается в записях австрийского дипломата в Великом княжестве Московском (1330-е – 1547) Сигизмунда фон Герберштейна (1486 – 1566).
Однако документальное подтверждение существование Святогорской обители находится лишь в Грамоте Михаила Федоровича Романова (1596-1645) от 1624 года на жалование монастырю ежегодного денежного и имущественного содержания, как центру православия и охранному пункту на южных рубежах царства. В связи с оборонным значением, здесь вплоть до ХVIII квартировал военный гарнизон, первые сооружения монастыря (скальная церковь святых Антония и Феодосия Печерских и храм святого Николая на вершине горы), находясь высоко над уровнем реки, были защищены высокими стенами, а его строения были соединены пещерными ходами, в которых так же располагалась часть культовых и жилых помещений.
Постепенно к концу 1680-х годов Успенский монастырь в Святых горах набирает все большую популярность среди православных паломников, для которых сооружается на подоле горы у реки деревянная теплая Петропавловская церковь, постепенно утрачивая роль одного из южных форпостов государства.